バーレーンの司法制度は、法律に基づいた裁判所制度と、イスラームの伝統に則ったシャリーア（イスラーム法）裁判所制度の二本の柱によって構成されています。憲法は、立法における主な法源をイスラーム法と規定しています。憲法はまた、司法の独立性を保障し、裁判官の判決に優先する権力は存在しないとしています。
一般の裁判所にあたる民法裁判所は、民事手続法、商法、刑法、刑事手続法等の法律に基づき、全ての民事、刑事および非イスラム教徒の個人的な問題を扱うものです。民法裁判所は3段階の審級制をとっていて、最下位の裁判所は、民事を扱う小事裁判所（下級裁判所または執行裁判所ともいう）と、刑事を扱う中等裁判所です。第2位の裁判所は、高等控訴院(上級民事裁判所ともいう）、最上位には大審院があります。
シャリーア法裁判所は、バーレーン国籍の有無に拘らず、イスラム教徒の個人的問題にかかわる問題を扱うものです。裁判制度について規定した立法令、通称裁判令によれば、シャリーア裁判所は「相続、贈与、遺言、財産の寄進(ワクフ)に関する事柄を取り扱う」とされています。上級シャリーア裁判所とシャリーア控訴院の2審級があり、さらにそれぞれがスンナ派シャリーア裁判所と、シーア派シャリーア裁判所に分かれています。
この他、バーレーンには軍事裁判所があります。軍事裁判所は、国防軍、国家警備隊、および治安隊に所属する者が犯した軍事的な不法行為を裁くものです。
さらに憲法には、憲法裁判所の設立についての規定があります。憲法裁判所は、法律や法規の合憲性を監督することを目的として、国王の勅命によって設立されるものです。憲法裁判所の判決には、全ての国家機関および全ての国民が従うものとされています。